Le Prieuré a été construit vers les années 1030 à la suite d'un rêve prémonitoire d'Odilon, 5ème abbé de la Grande abbaye de Cluny. Selon la légende Odilon aurait fait une halte au Bourget-du-lac en raison d'une forte fièvre. Durant une nuit, il aurait vu, pendant son délire, le Comte de Savoie et Saint Maurice planter une croix. Le saint l'aurait ensuite touché, le lendemain Odilon était guéri. Ayant interprété ceci comme un signe divin, il décida de faire construire un prieuré dédié à Saint Maurice pour le remercier.